摘要
大阪大学和日本琉球大学的研究小组在《新出现的微生物和感染》上发表了他们的研究成果。
大阪大学(Osaka University)和日本琉球大学(University of the Ryukyus)的研究团队在《Emerging Microbes and NTM的软件。
细菌属<分枝杆菌
统称NTM，这些物种广泛存在于土壤和水中。然而，如果有机会，NTM可以导致严重的皮肤和肺部感染的易感患者。治疗NTM感染的最大障碍之一是很难区分细菌，特别是在亚种水平。准确的鉴定是至关重要的，因为不同的物种对不同的抗生素治疗有不同程度的反应。
“在目前的NTM识别方法中，最敏感和准确的是基于基因组信息，”作者Shota Nakamura说。“然而，尽管公认需要高质量的基因组数据，使NTM能够在亚种水平上进行识别，目前的数据库只包含148个物种的程序集。因此，在这项研究中，我们对另外27个物种的基因组进行了测序，并对36个物种的基因组进行了重新测序。”
利用他们新获得的序列和之前发表的7484个基因组组合，研究人员开发了一个包含175种NTM物种的综合数据库，这些物种是在184个独立基因序列的基础上识别出来的。被称为多位点序列分型，每个物种都可以通过其184个基因序列差异的特定组合来进行分化。数据库中还包括其他<分枝杆菌
这项研究的主要作者松本幸(Yuki Matsumoto)解释说:“一旦我们组装好数据库，我们就开发了一种名为mlstverse的软件，它可以将未知序列与数据库进行比较，从而准确识别NTM。”“当我们将我们的方法与其他鉴定29个临床NTM分离株的方法进行比较时，mlstverse是唯一一种将所有29个分离株鉴定到亚种水平的方法。”
可能的应用前景广阔——琉球大学医院(University of Ryukyus Hospital)的医学博士金城武(Takeshi Kinjo)表示，“这种方法有可能用于从临床标本中识别NTM，从而实现靶向治疗，提高NTM相关感染的治愈率。”
来源：Medindia
此文系悬壶济世网原创整理，没有授权，请勿转载！
